«La Reina Roja tiene que correr más y más deprisa para poder quedarse en el sitio en el que está.»
La hipótesis de la Reina Roja (Red Queen Hypothesis), propuesta por Leigh Van Valen en 1973 dentro de su Ley de Extinciones, toma el ejemplo del personaje de la famosa obra de "Alicia a Través del Espejo" de Lewis Carroll para describir la adaptación continua de las especies para mantener su status quo con el entorno. El ejemplo más claro al que se puede recurrir con esta hipótesis es la carrera armamentística que se produce entre especies que interaccionan entre sí. La Selección Natural hace que las especies cambien continuamente en respuesta a las mejoras adaptativas en las especies con las que compiten o con las que tienen relaciones antagónicas. Explicado de manera breve y simple, para evitar la extinción las gacelas van a tener que desarrollar mecanismos para poder escapar de los guepardos (más velocidad, mecanismos defensivos, etc), y los guepardos a su misma vez tendrán que desarrollar otros mecanismos para poder alcanzar a las gacelas (más velocidad, mayor fuerza de garras y dientes...). Así, las especies que no pueden mantenerse en ese constante cambio terminarán extinguidas.
El efecto de esta hipótesis sobre el genoma se ha estudiado sobre todo en casos de relaciones antagónicas entre especies (depredación, parasitismo, etc), pero hasta ahora no se había estudiado al detalle lo que ocurría en especies que presentaban una relación mutualista, en la que ambas especies se benefician mutuamente. Algunos sugerían que la evolución en estas era más lenta que en el resto para no romper la relación ya que, para obtener todos los recursos de su "compañero", sería más conveniente esperarle en esta carrera evolutiva. Y así, en contraposición a la hipótesis de la Reina Roja, surgió en el 2003 lo que se denominó el Efecto del Rey Rojo.
Sin embargo, un estudio reciente parece haber puesto patas arriba esta hipótesis.
